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在 Linux 下升级 R 环境

默认的 Linux 环境下使用apt-get安装的 R 环境的版本普遍偏低,如 Ubuntu 16.04 默认安装的 R 环境版本是3.2.3,很多包就不能用。这里记录一下在 Ubuntu 中自定义升级 R 环境到特定版本的方法。

1. 添加指定的 CRAN 源

首先打开 Ubuntu 的软件源文件,加入对应的 CRAN 源:

sudo vim /etc/apt/sources.list
## 升级到 R 环境 3.5.x 的最新版本(Ubuntu 16.04 下)
deb https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu xenial-cran35/
## 升级到 R 环境 3.4.x 的最新版本(Ubuntu 16.04 下)
deb https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu xenial/

如果针对其他的 Ubuntu 版本,如14.04,可以在 R 的官网 (https://cran.r-project.org/bin/linux/ubuntu/) 中找到对应的 CRAN 源。

之后更新软件源:

sudo apt-get update

这时候可能会出现缺失公钥的错误,如下:

The Ubuntu archives on CRAN are signed with the key of “Michael Rutter marutter@gmail.com” with key ID E084DAB9

需要通过下面的方法添加公钥:

sudo apt-key adv --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-keys E084DAB9

2. 安装 R 环境

之后直接使用apt-get安装 R 环境,就能够安装到自定义的版本了:

sudo apt-get install r-base


参考:

  1. http://www.bioinfo-scrounger.com/archives/262
  2. https://cran.r-project.org/bin/linux/ubuntu/